The Epigenetic Consensus Problem

Sabrina Rashid, Gadi Taubenfeld, Ziv Bar-Joseph

פרסום מחקרי: פרק בספר / בדוח / בכנספרסום בספר כנסביקורת עמיתים


A distributed computing system is a collection of processors that communicate either by reading and writing from shared memory or by sending messages over some communication network. Most prior biologically inspired distributed computing algorithms rely on message passing as the communication model. Here we show that in the process of genome-wide epigenetic modifications, cells utilize their DNA as a shared memory system. We formulate a particular consensus problem, called the epigenetic consensus problem, that cells attempt to solve using this shared memory model and then present algorithms, derive expected run time and discuss, analyze and simulate improved methods for solving this problem. Analysis of real biological data indicates that the computational methods indeed reflect aspects of the biological process for genome-wide epigenetic modifications.

שפה מקוריתאנגלית
כותר פרסום המארחStructural Information and Communication Complexity - 28th International Colloquium, SIROCCO 2021, Proceedings
עורכיםTomasz Jurdziński, Stefan Schmid
מוציא לאורSpringer Science and Business Media Deutschland GmbH
מספר עמודים18
מסת"ב (מודפס)9783030795269
מזהי עצם דיגיטלי (DOIs)
סטטוס פרסוםפורסם - 2021
פורסם באופן חיצוניכן
אירוע28th International Colloquium on Structural Information and Communication Complexity, SIROCCO 2021 - Virtual, Online
משך הזמן: 28 יוני 20211 יולי 2021

סדרות פרסומים

שםLecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
כרך12810 LNCS
ISSN (מודפס)0302-9743
ISSN (אלקטרוני)1611-3349


כנס28th International Colloquium on Structural Information and Communication Complexity, SIROCCO 2021
עירVirtual, Online

הערה ביבליוגרפית

Publisher Copyright:
© 2021, Springer Nature Switzerland AG.

טביעת אצבע

להלן מוצגים תחומי המחקר של הפרסום 'The Epigenetic Consensus Problem'. יחד הם יוצרים טביעת אצבע ייחודית.

פורמט ציטוט ביבליוגרפי