Compressed sensing-based pooling experiments using next generation sequencing

Noam Shental, Amnon Amir, Or Zuk

פרסום מחקרי: פרק בספר / בדוח / בכנספרסום בספר כנסביקורת עמיתים

תקציר

Screening for carriers of rare variants by resequencing is important for the identification of individuals carrying disease alleles. Rapid sequencing by new technologies enables low-cost resequencing of target regions, although it is still prohibitive to test more than a few individuals. Pooling designs can enable detection of carriers of rare alleles in groups of individuals in a more economical manner. Previous pooling strategies were shown only for a relatively low number of individuals in a pool, and required the design of pooling schemes for particular cases. We propose a novel pooling design, based on a compressed sensing approach, which is general, simple and efficient. We model the experimental procedure and show via computer simulations our ability to recover rare allele carriers in larger groups than were possible before, especially when high coverage is obtained for each individual.

שפה מקוריתאנגלית
כותר פרסום המארח2010 Information Theory and Applications Workshop, ITA 2010 - Conference Proceedings
עמודים446-447
מספר עמודים2
מזהי עצם דיגיטלי (DOIs)
סטטוס פרסוםפורסם - 2010
אירוע2010 Information Theory and Applications Workshop, ITA 2010 - San Diego, CA, ארצות הברית
משך הזמן: 31 ינו׳ 20105 פבר׳ 2010

סדרות פרסומים

שם2010 Information Theory and Applications Workshop, ITA 2010 - Conference Proceedings

כנס

כנס2010 Information Theory and Applications Workshop, ITA 2010
מדינה/אזורארצות הברית
עירSan Diego, CA
תקופה31/01/105/02/10

טביעת אצבע

להלן מוצגים תחומי המחקר של הפרסום 'Compressed sensing-based pooling experiments using next generation sequencing'. יחד הם יוצרים טביעת אצבע ייחודית.

פורמט ציטוט ביבליוגרפי