Compressed sensing approach for high throughput carrier screen

Yaniv Erlich, Noam Shental, Amnon Amir, Or Zuk

פרסום מחקרי: פרק בספר / בדוח / בכנספרסום בספר כנסביקורת עמיתים

תקציר

Carrier screens are widely used in medical genetics to prevent rare genetic disorders. Current detection methods are based on serial processing which is slow and expensive. Here, we discuss a highly efficient compressed sensing approach for ultra-high throughput carrier screens, and highlight both similarities and unique features of our setting compared to the standard compressed sensing framework. Using simulations, we demonstrate the power of compressed carrier screens in a real scenario - finding carriers for rare genetic diseases in Ashkenazi Jews, a population that has well established wide-scale carrier screen programs. We also compare the decoding performance of two typical reconstruction approaches in compressed sensing - GPSR and Belief Propagation. Our results show that Belief Propagation confers better decoding performance in the current application.

שפה מקוריתאנגלית
כותר פרסום המארח2009 47th Annual Allerton Conference on Communication, Control, and Computing, Allerton 2009
עמודים539-544
מספר עמודים6
מזהי עצם דיגיטלי (DOIs)
סטטוס פרסוםפורסם - 2009
אירוע2009 47th Annual Allerton Conference on Communication, Control, and Computing, Allerton 2009 - Monticello, IL, ארצות הברית
משך הזמן: 30 ספט׳ 20092 אוק׳ 2009

סדרות פרסומים

שם2009 47th Annual Allerton Conference on Communication, Control, and Computing, Allerton 2009

כנס

כנס2009 47th Annual Allerton Conference on Communication, Control, and Computing, Allerton 2009
מדינה/אזורארצות הברית
עירMonticello, IL
תקופה30/09/092/10/09

טביעת אצבע

להלן מוצגים תחומי המחקר של הפרסום 'Compressed sensing approach for high throughput carrier screen'. יחד הם יוצרים טביעת אצבע ייחודית.

פורמט ציטוט ביבליוגרפי